对有洁净等级要求的正压实验室、回风与经过集中处理的新风混合后进入空调机组的洁净实验室，机组内设中效过滤，房间送风口设高效送风口，回风口处设空气阻尼层，气流组织采用上送侧回；通过调节回风阻尼层阻力调节回风量，以实现对洁净室的正压控制。在机组新风入口处设电动风阀，与洁净空调机组联锁。洁净实验室规划设计中的送风量通过缓冲间压出，在缓冲间外的实验室房间常配有通风柜排风和房间排风，符合各房间的压力梯度要求。
　　对有洁净等级要求的负压实验室，如动科院寄生虫实验室的细胞培养室，既要保持洁净，又要保持负压。送入洁净间的风量为此房间排风量的70%~80%，并加定风量阀锁定送风量。排风机与空调机联锁运行，排风口处加定风量阀，以符合实验室规划设计中的压力梯度要求。另外，与正压实验室不同的是负压洁净实验室外的房间内仍要保持为同洁净等级，因此洁净空调其余20%~30%的风量送至实验室辅助房间、非实验区域，使气流流向从安全区到产生危险物质的实验房间，既不让污染源不泄漏，又保持了实验室的洁净等级。